Es ist keine Geheimnis das die Armee so manchen Inquisitor gerne aus dem Weg geräumt hätte, doch für die Inquisition gilt genau das gleiche. Ihnen wäre es auch lieber wenn einige Generäle verschwinden würden. Doch man hat im Laufe der Zeit sich daran gewöhnt mit dem jeweils anderem auszukommen.
In Zeiten der Not kann sogar die Inquisition, wenn es vom Imperator genehmigt wird, die Armee auf den Jeweiligen Planeten kontrollieren. Doch diese Extreme Masnahme Passierte jedoch nur einmal, während des großen Bruderkrieg.
Die Armee war strickt gegen dieses Gesetzt, was auch verständlich war, denn ein Inquisitor und dann noch die Komplette befehlsgewallt über die Armee? Dies war eine gefährliche Mischung, aber diese geährliche Mischung hatte schon gut funktioniert. Und außerdem war dies auch noch ein Gesetzt des Ersten Imperators und unveränderlich!
Doch nicht immer liegen die Inquisition und die Armee in Zwietracht. Es gibt Inquisitoren die Arbeiten mit der Armee Hand in Hand, ja es gibt sogar Inquisitoren die einen Trupp von Soldaten bekommen. Diese sind meist sowas wie eine Eskorte oder eine Garde für den Inquisitor. Und nicht selten gibt es auch in der Armee Fanatische Soldaten die keine Gnade gegen die Ketzer walten lasen.